今回の事例で問題となっているのは（3）の費用償還義務になります。借地人が行った工事が必要費、有益費に当たる場合には、地主は費用を支払う必要が出てきます。
具体的に見てみましょう。

必要費とは、家屋であれば雨漏りの修繕など賃貸借の目的物を使用するのに「必要」な場合にかかる費用です。
今回の工事が、土地を利用する際に必要不可欠な工事であった場合には地主は借地人からの請求を拒むことは出来ず、しかも直ちにその費用を支払う必要があります。

有益費とは、（土地を改良して）その価値を増加させた費用のことです。必要費に当たらない場合でも、借地人の行った工事が土地の価値を増加させるものである場合には、地主はその費用を支払う必要があります。

具体的な金額については、196条2項：「…（賃借人の）選択に従い、その支出した金額又は増価額を償還させることができる」とあり、実際に支出した金額もしくは、増加額のどちらかを選択して請求することが出来ます。
借地人としては、工事費よりも土地の価値の増加額のほうが上回っていれば、増加額を請求することになると考えられます。

ただ、有益費の場合には、608条2項にあるように「賃貸人は、賃貸借の終了の時に、…」有益費を支払えばよいことになっています。仮に、地主（賃貸人）が有益費の支払いを拒んだ場合、借地人はその費用が支払われるまで、明け渡さないと主張することができます（留置権の行使が可能）。

借地人による工事が土地の利用にとって必要なものなのか、必要とまでは言えないが価値を増加する有益なものなのか、いずれに該当するかによって、地主が請求され得る金額が変わってきます。
借地契約の目的も加味して個別具体的に見ていく必要があります。